Finalité du poste
Quatrième semencier mondial, Limagrain est un groupe coopératif international créé et dirigé par des agriculteurs français. Créateur et producteur de variétés végétales depuis 60 ans, Limagrain commercialise des semences de grandes cultures, des semences potagères et des produits céréaliers. Au sein de la recherche sur le maïs, l’équipe Maize Breeding Scientific Support (MABS), s’assure de la disponibilité des outils pour la sélection variétale. Elle met à la disposition des sélectionneurs maïs des outils et méthodes innovantes qui leur permettent de créer les variétés de demain.
Les schémas de sélection du maïs ont vécu des évolutions majeures au cours de la dernière décennie avec l’adoption de nouvelles technologies qui permettent des gains de productivité via, par exemple, l’automatisation de nombreuses tâches, des gains de précisions en phénotypage (généralisation du GPS, capture d’information par Drone) et surtout l’avènement de la sélection prédictive (sélection génomique ou encore prédiction génomique) grâce à la généralisation du génotypage systématique et de méthodes statistiques adaptées. En complément, nous consacrons un effort particulier sur la compréhension, la dissection et la gestion des caractères agronomiques les plus importants pour délivrer les variétés les plus adaptées au besoin des agriculteurs. Nous proposons un stage au cours duquel l’étudiant.e sera intégré.e dans l’équipe MABS et sera en lien avec des équipes de sélection. Les travaux de recherches conduits par l’étudiante.e porteront sur des approches haplotypiques utilisables en sélection pour des traits natifs du maïs.
Vos Missions
L’étudiant.e réalisera la dissection génétique d’un sous ensemble de caractères agronomiques (comme la hauteur de plante, la résistance aux maladies fongiques et virales) à partir des données phénotypiques et génotypiques issues des programmes de sélection maïs en zones tempérées et tropicales. Ces analyses, de type GWAS, permettront de définir des haplotypes et d’explorer des méthodes pour les intégrer dans des schémas de sélection dans le but d’optimiser le gain génétique pour ces caractères. Pour ce faire, la mission consistera en (1) examiner la bibliographie sur les méthodes de définition d’haplotypes, leur utilisation dans des études de GWAS et leur intégration dans les schémas de sélection. (2) produire et utiliser les résultats de GWAS issus des différents programmes de sélection pour évaluer et améliorer les outils de définition et d’évaluation des haplotypes développés dans l’équipe (3) pour un ou 2 caractères en particulier, investiguer l’effet des haplotypes dans la prédiction des hybrides et leur stabilité d’un type de matériel à l’autre (4) enfin proposer des stratégies d’intégration de ces haplotypes dans les schémas de sélection.
Les résultats obtenus seront présentés et discutés avec les équipes de sélection. Le stage sera donc l’occasion pour le ou la candidat.e retenu.e de se familiariser avec le domaine de la sélection en grandes cultures et les technologies de sélection assistée par marqueur ainsi que d’étoffer ses connaissances en génétique des caractères agronomiques. Le stagiaire bénéficiera du support des pathologistes, des équipes de sélection, du service Biostatistiques et sera encadré conjointement par la coordinatrice « Native Traits » et par la coordinatrice « Maize Breeding Methodology » de l’équipe MABS.
Ce que nous attendons de vous
- Dernière année de Formation Supérieure BAC + 5
- Spécialisation : Amélioration des plantes, BioStatistiques, Génétique quantitative
- Connaissances : Statistiques – Génétique- Analyse de données – Intérêt pour la génomique
- Compétences dans les langages de programmation scientifique tels que Python et R, pour le développement de scripts et de pipelines pour l'analyse de données
- Langues : Bonne maîtrise de l’anglais
CONTACTS MAITRE DE STAGE
Mail : alizarine.lorenzi@limagrain.com et marie-helene.tixier@limagrain.com