Sujet de stage

Repenser les stratégies de calibration en sélection génomique pour accélérer le progrès génétique dans les programmes de sélection du maïs

Amélioration des plantes● Génétique quantitative● Biostatistiques appliquées

Finalité du poste

Quatrième semencier mondial, Limagrain est un groupe coopératif international créé et dirigé par des agriculteurs français. Depuis plus de 60 ans, le groupe développe et commercialise des semences de grandes cultures, des semences potagères ainsi que des produits céréaliers. 

La sélection génomique est aujourd'hui largement utilisée dans les programmes de sélection du maïs pour accélérer l'identification des meilleurs candidats et améliorer l'efficacité des décisions de sélection. Si les coûts de génotypage ont fortement diminué, le phénotypage demeure une ressource limitée. Dans ce contexte, l'un des défis majeurs consiste à déterminer quelles populations doivent être phénotypées afin de générer les données les plus utiles pour les modèles de prédiction. L'optimisation des populations d'entraînement représente ainsi un levier stratégique pour mieux allouer les ressources expérimentales et maximiser la précision prédictive et, à terme, le progrès génétique au sein des programmes.

L'objectif du stage est d'évaluer différentes stratégies de constitution des populations d'entraînement à partir de données réelles issues des programmes de sélection du maïs de Limagrain.

Le stage visera notamment à explorer les hypothèses suivantes :

• la représentativité génétique et la diversité des individus phénotypés influencent l'efficacité des modèles ;
• l’augmentation du volume de phénotypage ne conduit pas systématiquement aux meilleurs gains ;
• des compromis existent entre coût de phénotypage, performances prédictives et qualité des décisions de sélection.

Les résultats alimenteront directement les réflexions stratégiques sur l’allocation des ressources expérimentales et l’évolution des approches de sélection génomique dans les programmes de sélection du maïs.

Vos Missions

En s'appuyant sur des données historiques issues des programmes de sélection maïs, vous serez amené(e) à :

• réaliser une revue bibliographique des approches récentes d'optimisation des populations d'entraînement ;
• caractériser les populations actuellement utilisées pour la calibration des modèles de prédiction génomique ;
• comparer différentes stratégies de constitution ou de renouvellement des populations d'entraînement ;
• formuler des recommandations méthodologiques et présenter les résultats aux équipes de sélection et de recherche

Ce que nous attendons de vous

Vous êtes étudiant(e) en dernière année d'école d'ingénieur ou de Master 2 avec une spécialisation en : amélioration des plantes ; génétique quantitative ; biostatistiques appliquées au vivant ; et disposez des compétences suivantes :

• intérêt marqué pour la génétique quantitative et l'analyse de données ;
• maîtrise de R (ou forte motivation pour développer cette compétence) ;
• autonomie, curiosité scientifique, bonnes capacités de communication et de synthèse ;
• bon niveau d'anglais scientifique.

Ce que vous allez trouver chez nous

Le stage se déroulera au centre de recherche de Limagrain au sein de l’équipe de recherche en support scientifique à la sélection du maïs. 

Pourquoi rejoindre notre équipe :

• Évoluez dans un environnement pluridisciplinaire associant sélectionneurs, généticiens quantitatifs, experts des méthodologies de la sélection, biostatisticiens et data scientists ;
• Découvrez concrètement les métiers de la création variétale grâce à des interactions régulières avec les équipes R&D et des activités de terrain en pépinière et sur essais ;
• Bénéficiez d'un accompagnement par des experts du domaine, de visites de sites et de formations en lien avec le sujet de stage ;
• Développez une expertise unique à l'interface entre l'amélioration des plantes, la génétique quantitative, les statistiques et la science des données.

Process de recrutement

Les candidatures seront examinées par l'équipe de support scientifique à la sélection du maïs. Les candidats présélectionnés seront invités à un entretien avec les membres de l'équipe impliqués dans le projet.